Dans la majorité de ses missions, au Liban, comme hors du territoire libanais, USJ sans frontières a choisi de travailler conjointement avec les sours de la charité, congrégation fondée par Mère Térésa. Ce choix s'est fait suite à la demande émise par ces centres qui travaillent dans des conditions dérisoires .

USJ sans frontières reste ouverte à toute autre collaboration avec d'autres associations.