Exploration des interactions animaux-plantes en utilisant une méthode non-invasive basée sur l’ADN: implications dans la restauration écologique

Description :

La caractérisation des interactions et des réseaux trophiques est fondamentale pour comprendre le fonctionnement et la structure des communautés au sein d’un écosystème. Même si le rôle des animaux dans la pollinisation et la dispersion des graines n’est plus à prouver, la composante animale n’est pas prise en considération dans les projets de restauration écologique. La régénération naturelle de l’écosystème restauré notamment à travers les espèces dont les graines sont dispersées par les animaux repose sur la présence de ces derniers sur le site. Qui sont ces animaux? Que dispersent –ils ? A quelle saison ? Sont-ils encore présents dans les environs de la zone restaurée? Dans ce projet on aura recours à la méthode du DNA metabarcoding pour déterminer la variation des régimes alimentaires durant les 4 saisons, cette méthode génétique non-invasive permet aux biologistes d’étudier et d’analyser plusieurs populations et individus sans aucun contact et même sans les observer. Cette méthode reposant sur l’ADN environnemental a été mise en place pour remplacer les méthodes d’inventaire traditionnelles comme les caméras et les pièges à poils et les méthodes invasives qui nécessitent de sacrifier l’animal. Il s’agit de caractériser et d’identifier simultanément l’ensemble des espèces présentes dans un échantillon en utilisant des amorces universelles nécessaires pour amplifier les marqueurs d’ADN standards « code-barres » du prédateur et de ses proies puis l’utilisation des nouvelles techniques de séquençage NGS suivies par des analyses bio-informatiques.