Ce laboratoire constitue une plateforme de diagnostic et de recherche en Microbiologie et en biologie moléculaire en plus d’une activité de contrôle qualité en microbiologie.
Les activités au laboratoire des agents pathogènes :
1-La bactériologie et bactériologie moléculaire : culture, identification et antibiogramme.
2-Le diagnostic bactériologique et virologique par biologie moléculaire : HBV quantitative, HCV quantitative, génotype HCV, HIV-1 quantitative, pathogènes sexuellement Transmissibles (STD).
3-Le Contrôle de qualité microbiologique des produits alimentaires : des produits de santé, cosmétiques, denrées alimentaires et eau.
4-La recherche : une des principales activités du laboratoire ou plusieurs axes de recherche sont développés en partenariat avec des laboratoires nationaux et internationaux
Axes de Recherche
Axe 1: Microbiote intestinal humain et pathologies associées
•Étude épidémiologique du microbiote intestinal et buccal dans la population Libanaise
•Colonisation des intestins du nouveau-né et effet des antibiotiques pris en per partum
•Microbiote intestinal et colique infantile
•Microbiote intestinal et Maladies neuropsychiatriques
•Microbiote intestinal et greffe de moelle osseuse
•Effet de la Spirulline sur flore intestinal chez la souri
Axe 2 : Observatoire des agents pathogènes et de la résistance aux antibiotiques. Recherche des bactéries résistantes chez l’homme et dans l’environnement
•Le support génétique de la résistance aux antibiotiques au Liban
•Étude de la dispersion des bactéries résistantes dans l'environnement et l’eau au Liban
•Transmission des bactéries résistantes dans le système animal au Liban
Axe 3 : Étude des rôles des peptides antimicrobiens dans la lutte contre les infections bactériennes pulmonaires :
Cette activité d’une importance capitale pour l’avenir de thérapie des maladies infectieuses en présence de germes e plus en plus résistants est développée en collaboration avec l’institut pasteur de Paris et l’hôpital Cochin.
Axe 4 : Effet de la congélation de la viande de volaille fraîche sur les niveaux d'activité de β-Hydroxy Acyl Co-A DeHydrogenase (HADH) et sur le dénombrement bactérien.

Thèses soutenues dans le laboratoire
•Dalal Hammoudi (2014): «The threat of carbapenem resistance in Gram negative pathogens»
•Tarek Itani (2017) : « Etude du microbiote intestinal du nouveau-né prématuré et entérocolite ulcéro-nécrosante » (en co-direction avec Pr BUTEL, Université Paris Descartes)
•Micheline Hajjar (2018) : «Molecular epidemiology of resistance and assessement of Colistin-Carbapenem activity against Acinetobacter species isolated from Lebanese hospitals» (en co-direction avec Pr Ziad Daoud, University of Balamand)

Publications
•Hajj A, Adaimé A, Hayajneh W, Abdallah A, Itani T, Hakimé N, Mallah M, Alsamarneh R, Badal R, Sarkis DK. Post Syrian war impact on susceptibility rates and trends in molecular characterization of Enterobacteriaceae. Future Microbiol. 2018 Sep; 13:1419-1430. doi: 10.2217/fmb-2018-0109.
•Moubareck CA, Fekry S, Pál T, Ghazawi A, Halat DH, Nabi A, AlSharhan MA, AlDeesi ZO, Peters CC, Celiloglu H, Sannegowda M, Sarkis DK, Sonnevend A. Clonal emergence of Klebsiella pneumoniae ST14 co-producing OXA-48-type and NDM carbapenemases with high rate of colistin resistance in Dubai, United Arab Emirates. International journal of antimicrobial agents. 2018 Mar 9.
•Itani T, Ayoub Moubareck C, Melki I, Rousseau C, Mangin I, Butel MJ, Karam Sarkis D. Establishment and development of the intestinal microbiota of preterm infants in a lebanese tertiary hospital. Anaerobe. 2017; 43:4-14.
•Itani T, Ayoub Moubareck C, Melki I, Rousseau C, Mangin I, Butel MJ, Karam Sarkis D. Preterm infants with necrotising enterocolitis demonstrate individual and unbalanced gut microbiota. Acta Paediatrica. 2017. DOI:10.1111/apa.14078
•Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. Heterogeneity of carbapenem resistance mechanisms among Gram-negative pathogens in Lebanon: Results of the first cross-sectional countrywide study. Microbial drug resistance. 2017 Jan; 23: 733-743.
•Soudeiha MA, Dahdouh EA, Azar E, Sarkis DK, Daoud Z. In vitro evaluation of the colistin-carbapenem combination in clinical isolates of 11 using the checkerboard, Etest, and time-kill curve techniques. Frontiers in cellular and infection microbiology. 2017; 7:209.
•Hajjar M, Dahdouh E, Daoud Z, Sarkis DK. Phenotypic and genotypic detection of beta lactamases in Acinetobacter spp. isolates recovered from Lebanese patients over a period of one year. Journal of global antimicrobial resistance. 2017
•Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. Carbapenem-resistant Gram-negative bacilli. Antibiotic Resistance. 2016 Jan; 93-119.
•Hammoudi D, Moubareck CA, Hakime N, Houmani M, Barakat A, Najjar Z, Suleiman M, Fayad N, Sarraf R, Sarkis DK. Spread of imipenem-resistant Acinetobacter baumannii co-expressing OXA-23 and GES-11 carbapenemases in Lebanon. International Journal of Infectious Diseases. 2015 Jul 1;36:56-61.
•Hammoudi D, Ayoub Moubareck C, Kanso A, Nordmann P,  Karam Sarkis D. Surveillance of carbapenem non-susceptible gram negative strains and characterization of carbapenemases of classes A, B, and D in a Lebanese hospital.   Lebanese Medical Journal. April 2015; 63(2):66-73·
•Hammoudi D, Moubareck CA, Aires J, Adaime A, Barakat A, Itani T, Sarkis DK. Countrywide spread of OXA-48 carbapenemase in Lebanon: surveillance and genetic characterization of carbapenem-nonsusceptible Enterobacteriaceae in 10 hospitals over a one-year period. International Journal of Infectious Diseases. 2014 Dec; 29:139-44.
•Hammoudi D, Moubareck CA, Sarkis DK. How to detect carbapenemase producers? A literature review of phenotypic and molecular methods. Journal of microbiological methods. 2014 Dec 1;107:106-18.

Collaborations nationale
-Le laboratoire de microbiologie de l’université Américaine de Beyrouth
-Le département de microbiologie de l’université de Balamand
-L’Institut de Recherche Industrielle (IRI)
-L’OMS
-Le ministère de la santé publique du Liban
-Le ministère de l’agriculture du Liban

Collaborations internationales
-Le service de la résistance aux antibiotiques de l’institut pasteur de Paris
-Equipe «Mucoviscidose et bronchopathies chroniques" Institut Pasteur.
-INSERM U938; Hôpital Saint - ANTOINE
-Le laboratoire des agents pathogène de la faculté de pharmacie Paris – Descartes : unité Ecosystème intestinal, probiotique, antibiotiques.
-Conservatoire national des arts et métiers (CNAM), Laboratoire d’Ecologie Microbienne (MIEL).
-Institut National de la Recherche Agricol (INRA) : unité Infectiologie et Santé Publique, Tours
-Institut National de la Recherche Agricol (INRA), Laboratoire Genotoul, unité Anti infectieux : support moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques, Limoges.
-Le laboratoire de microbiologie clinique-Hôpital Avicenne de la faculté de medecine -Paris 7, unité : Infection, Antimicrobials, Modeling, Evolution.

Mots clés : Résistance Aux Antibiotiques, Microbiote, Protéine antimicrobienne, Contrôle Qualité Microbiologique, diagnostic et contrôle des Agents Pathogènes

Responsable
Dolla KARAM SARKIS

Date de création
14/03/2011

Adresse
Campus des sciences médicales
Rue de Damas
B.P. 11-5076 - Riad El Solh
Beyrouth 1107 2180

Téléphone : +961 (1) 421 000
Courriel : dolla.sarkis@usj.edu.lb