Abstract Durant le siècle et demi qui vient de s ‘écouler, la médecine a fait de prodigieuses avancés en matière de lutte contre les maladies infectieuses grâce aux mesures sanitaires et hygiénistes mais aussi grâce aux vaccinations de l’enfance et l’utilisation massive d’antibiotiques durant les 70 dernières années. Seulement, depuis quelques décennies, de nouvelles pathologies insidieuses sont en train d’apparaître et de se répandre de façon inquiétante : ce sont l’obésité, le diabète insulino-dépendant de plus en plus précoce, l’asthme l’eczéma et les allergies diverses, les intolérances alimentaires et la maladie cœliaque, le reflux gastro-œsophagien et le cancer qui s’ensuit, l’autisme, et toute une série de pathologies dites auto-immunes : maladie de Crohn et rectocolite ulcéreuse, la sclérose en plaques, les polyarthrites, le lupus etc. Nous venons de prendre conscience du rôle participatif majeur que jouent les microbes que nous hébergeons (le microbiote) dans le maintien de notre homéostasie. Ce microbiote est en train d’être profondément remodelé et nous voilà confrontés à un problème beaucoup plus grave que l’apparition des résistances, c’est celui de la perturbation profonde de notre équilibre métabolique et immunitaire, non seulement au niveau individuel mais surtout au niveau de l’espèce humaine dans son ensemble. Cela va induire des changements profonds dans la stratégie thérapeutique adoptée vis à vis des maladies infectieuses, notamment dans la prescription empirique d’antibiothérapie dans les pathologies dites bénignes.